Pati mažiausia, rajono pietryčiuose įsikūrusi seniūnija, plačiai žinoma visoje Lietuvoje, nes 2004 m. 1989 m. įsteigus kultūrinį rezervatą, 2004 m. Kernavė įrašyta į UNESCO saugomų pasaulio paveldo objektų sąrašą. Čia vaizdingoje Neries pakrantėje stūkso penki piliakalniai, šalia kurių nuo seniausių laikų kūrėsi senovės gyvenvietės, vystėsi kultūros, gyvavusios 11 tūkstančių metų – nuo vėlyvojo paleolito (IX tūkstm. pr. Kr.) iki pat šių dienų.
Kernavėje veikia modernus archeologinės vietovės muziejus, tautodailininko Ipolito Užkurnio medžio darbų ekspozicija, vyksta tradicinė Rasos šventė (birželio 23-24), eksperimentinės archeologijos festivalis „Gyvosios archeologijos dienos“ (minint Valstybės dieną).
Kernavės seniūnijoje yra 18 kaimų, didesni iš jų – Pakalniškiai, Kunigiškiai I, Sutkiškiai, Ardiškis, Vičiūnai.