Jauniūnų seniūnija yra rytinėje Širvintų rajono dalyje, joje yra 52 kaimai, didesni iš jų: Bartkuškis, Medžiukai, Šiauliai. Seniūnijos centras – Jauniūnų gyvenvietė. Seniūnija turtinga kultūros paveldo objektų: penki pilkapynai, Gudulinės šventvietė, žalvario laikų senovės gyvenvietė, išlikusios Bartkuškio ir Juodės dvarų sodybos.